Quando Roxas desapareceu, Sora despertou de seu sono profundo junto com seus aliados, Donald e Goofy. Agora, o trio continua sua missão de salvar os mundos das forças das trevas e encontrar o rei Mickey e o melhor amigo de Sora, Riku. Mas desta vez um novo ato para a paz de Kingdom Hearts ursos para baixo sobre Dora e seus amigos - o Nobodies e Organização XIII!