Japão, final do século XVII. Itto Ogami é vítima de uma intriga organizada pela poderosa família Yagyu e, por isso, perde sua distinta posição de executor oficial do Shogun. Pressionado a cometer suicídio pelo código de honra dos samurais, Itto decide se rebelar contra seus acusadores e contra as normas que haviam guiado sua vida até aquele momento.
Ele agora não é mais um samurai e vive uma vida de ronin, um guerreiro errante, vagando pelo Japão e ganhando a vida como assassino de aluguel, com apenas um desejo em mente, o de se vingar de quem o privou de tudo o que lhe era importante: a honra de samurai, sua amada esposa e o nome de sua família. A única coisa que lhe restou foi seu filhinho de três anos, Daigoro, que o acompanha numa odisseia através do cruel Japão do Período Edo.
Para obter sua vingança, Itto está disposto a sacrificar o que for preciso, inclusive Daigoro, que, apesar de ser muito pequeno, entende e apoia o pai até nas missões mais duras e sangrentas. O menino já sabe que a honra de um homem é mais importante que sua própria vida e que o caminho de um ronin também pode ser honrado.