Publicado nos Estados Unidos quatro anos após a morte de Bukowski, em 1998, sob o título original de 'Captain is out to lunch and the sailors have taken the ship', esse livro é o último canto desesperado do 'velho safado'. Contém trechos de seu diário de agosto de 1991 até fevereiro de 1993, selecionados por ele próprio dias antes de morrer, em 9 de março de 1994. No texto são comentados alguns episódios frugais, como o hábito de apostar em corrida de cavalos, encontros com figuras marginais e desiludidas como ele próprio, mas a espinha dorsal de 'O capitão saiu para o almoço e os marinheiros tomaram conta do navio' são as cruas reflexões filosóficas sobre a vida, sobre a natureza e miséria humanas. Em O capitão, Bukowski, o último escritor maldito, coloca-se a nu, como de hábito. E mostra uma mente que não se resignou, que - como os personagens de seus contos e romances - não se enquadrou ao american way of life e não encontrou o sonho americano. Com ilustrações do desenhista norte-americano Robert Crumb, O capitão saiu para o almoço e os marinheiros tomaram conta do navio foi publicado primeiramente no Brasil pela L&PM Editores em 1999.