Nos velhos tempos, o capitão Barba-Encaracolada e seus homens eram considerados o flagelo dos sete mares. Não havia quem não temesse a bandeira do navio pirata Rato Preto. Cansado da constante ameaça de saques, o rei da pequena cidade de Mar-Nublado executa uma emboscada. O velho Barba-Encaracolada e sua tripulação lutam até o fim, mas acabam pagando o preço por tanta coisa ruim..Em toda noite de lua cheia, uma misteriosa embarcação é vista na costa da cidade. Seria o Rato Preto, há anos afundado pela Marinha de Mar-Nublado durante a emboscada contra os piratas? Uma coisa é certa: a população está apavorada, especialmente com os saques que voltam a ocorrer sempre que o emblemático navio é visto. Matilda, uma pequena – mas destemida – moradora de Mar-Nublado está disposta a resolver este mistério e acabar de vez com o pânico que assola a população. Ao lado da família Bandeira-Pirata, Jim Júnior – um pirata de verdade! – e Matilda lutam para solucionar o enigma. Conseguirão eles derrotar os piratas estropiados?