Um ano após a rendição, Tóquio jaz destruída e sangrando aos pés dos vitoriosos americanos. Entre os sobreviventes do Departamento de Polícia Metropolitana de Tóquio, o pânico se espalha. Vivendo sob a ameaça de uma segunda leva de exonerações de funcionários e investigadores, com suas identidades alteradas e nomes falsos, eles percebem que não podem confiar em ninguém, muito menos uns nos outros. Enquanto isso, outra guerra irrompe, entre os diversos grupos étnicos que disputam o controle dos mercados negros da cidade. Neste contexto histórico, 'Tóquio Ano Zero' começa com a descoberta dos corpos de duas mulheres jovens no Parque Shiba. Contra sua vontade, o detetive Minami é encarregado da investigação do caso, e quanto mais fundo mergulha nesses complexos e horríveis assassinatos, mais ele compreende que seu próprio passado e seus próprios segredos estão indelevelmente ligados aos das mulheres mortas e seu assassino.