Kenji Fujikidio, o Ninja Slayer, continua enfrentando os ninjas da Zaibatsu no Shinkansen para vingar sua família. Mas não é somente ele quem está enfrentando a organização, Genocide e outras figuras que já encontraram com o Ninja Slayer anteriormente ressurgem no caminho para a República de Kyoto.Kenji Fujikidio, o Ninja Slayer, continua enfrentando os ninjas da Zaibatsu no Shinkansen para vingar sua família. Mas não é somente ele quem está enfrentando a organização, Genocide e outras figuras que já encontraram com o Ninja Slayer anteriormente ressurgem no caminho para a República de Kyoto .