Durante 10 anos Kenshin andou pelo Japão até encontrar abrigo no Dojo Kamiya, onde a jovem Kaoru Kamiya lecionava kendo no estilo Kamiya Kashin (Espada para a Vida). A errante caminhada do jovem ronin tinha um propósito: A expiação pelas inúmeras mortes que causara durante o Bakumatsu (fim do bakufu/shogunato) quando era um hitokiri (assassino retalhador) a serviço da Ishin Shishi (monarquistas que desejavam a restauração do governo para as mãos do imperador) do feudo de Choushuu.
Nessa época, Kenshin ficou conhecido como Hitokiri Battousai ( Battousai, o retalhador) por sua grande habilidade com o Battoujutsu. Mesmo com a vitória dos monarquistas que culminou na derrubada do Xogunato Tokugawa, dando origem a Era Meiji, Kenshin, arrependido pelas inúmeras vidas que tirou, decide nunca mais matar. Mesmo terminando sua longa jornada, o ex-hitokiri terá de brandir novamente sua sakabatou (espada em que a lâmina encontra-se no dorso) para enfrentar novos e velhos inimigos.A saga de Kyoto chega ao fim e a nova fase começa a todo vapor! Depois de vencer Makoto Shishio, Kenshin passa um tempo em Kyoto, tratando das feridas que sofreu nas batalhas. Recuperado, chega a hora de ele e de toda a turma do Dojo Kamiya voltarem para Tóquio. Porém, o breve momento de paz que estão vivenciando está para ser quebrado bruscamente. Quem chega de Xangai é Enishi Yukishiro, que traz na mala um enorme desejo de vingança contra Kenshin e organiza uma “Irmandade” somente para este fim.