As metodologias utilizadas para o biomonitoramento em regiões portuárias devem ser rápidas e de baixo custo, visando intervenção em tempo hábil para reduzir danos ao ambiente. As agências ambientais internacionais têm indicado o uso de peixes em programas de biomonitoramento, exigindo-se abordagens integradas para as análises das respostas biológicas das espécies selecionadas em diferentes regiões. Nesse contexto, um aspecto importante a ser considerado no monitoramento ambiental de regiões portuárias é a integração do grande volume de dados que são gerados (físicos, químicos, biológicos), bem como a tradução dos dados técnicos em informações de fácil entendimento. Isso porque, muitas vezes, a complexidade dos resultados e dos métodos de avaliação ambiental torna a informação restrita e com pouca utilidade para as pessoas envolvidas na gestão de áreas portuárias. Atualmente, para atender a crescente necessidade de integração de informações em vários níveis e áreas do conhecimento, os grandes centros de pesquisas têm utilizado inteligência artificial (computacional). Nesta publicação, a autora descreve os tipos e características dos principais biomarcadores que podem ser utilizados em monitoramento de regiões portuárias. Além disso, apresenta um estudo de caso experimental com metodologia integrada para monitoramento ambiental com uso de biomarcadores (glutationa S-transferase, catalase, lesões hepáticas e branquiais em peixes) e inteligência artificial (computacional) para monitorar uma importante região portuária na costa Norte do Brasil.