Surgem os ajins da nova geração! O terrorista Satou declara o início da sua Terceira Onda e inúmeros ajins simpatizantes enviam suas IBMs para atacar Kou Nagano, Izumi Shimomura e os outros. Satou, além de dominar a base de Iruma, sequestra o Primeiro-ministro e anuncia que calará todas as instituições do país em duas horas. Então, sobe em um caça e realiza sucessivos ataques em alta velocidade!

Kei Nagai forma uma aliança com as Forças Especiais Antiajin e, em meio a essa situação extrema, monta um plano que pode funcionar contra Satou! Mas, para pô-lo em prática, ele precisará de tempo e de companheiros!