O atalho secreto conta a história de dois garotos, Raul e Felipe, que vivem chegando atrasados na aula. Todo o dia é a mesma coisa e eles sempre têm uma desculpa na ponta da língua. Porém, dona Araci, a professora, avisa que não quer mais saber de atrasos. Então, os garotos resolvem ir para a escola por um atalho secreto, só conhecido por Raul. Mas, os dois acabam se perdendo no meio de uma floresta cheia de crocodilos e muita aventura...