White avança em seu treinamento no Metrô de Batalha, sem saber que um emocionante reencontro a aguarda. Enquanto isso, Black, após conquistar a Insígnia do Tremor e a Insígnia a Jato, uniu forças com seis líderes de ginásio e partiu na missão de salvar a Pedra das Trevas, que é próprio Dragão Negro, Zekrom, do ataque da Tríade das Sombras enviada pela Equipe Plasma. Mas o astuto Ghetsis ainda esconde uma carta na manga que pode reverter a situação!