Shinji viveu separado de seu pai durante muito tempo, quando é repentinamente convocado por ele a comparecer à NERV. Apesar de contrariado, ele se torna piloto do Evangelion – uma arma de combate humanoide.

A luta contra os “Anjos”, inimigos desconhecidos, causa medo e tensão, mas, ao mesmo tempo, desperta algo nele que o faz se abrir para as relações humanas à sua volta.

Contudo, quando lê algumas anotações de sua supervisora Misato a seu respeito, Shinji se fecha novamente em sua carcaça, e acaba fugindo da NERV.