D N Angel conta as aventuras de Daisuke Niwa, um adolescente comum de 13 anos, até o dia que completa 14 anos. Nessa data, ele passa por uma grande transformação física, ficando com a aparência de um jovem de cerca de 17 anos. Mas isso só acontece quando ele está próximo de seu grande amor, Risa Harada, e sente o coração bater mais forte, estimulando o seu DNA. 
Mas a garota não dá a menor bola para ele, enquanto sua irmã gêmea, Riku, é louca por Daisuke. E aí os papéis se invertem: é o garoto que não quer nada com a menina.
Para complicar o triângulo amoroso, a família de Daisuke guarda um grande segredo: os homens do clã, por gerações, assumem a identidade secreta do misterioso ladrão conhecido como Dark. E o gatuno acaba despertando uma paixão em Risa.
Não bastasse, uma vez transformado em Dark, Daisuke precisa cumprir missões todas as noites, sempre com a polícia em seu encalço, inclusive encarar o não menos misterioso Satoshi Himawari, seu colega de escola, cujo objetivo é capturar o lendário ladrão que tem atormentado a cidade há tempos.
Assim começam as confusões de Daisuke Niwa que, ao mesmo tempo, precisa lidar com uma nova identidade, controlar o seu incomum DNA, fugir da polícia e ainda tentar conquistar a garota dos seus sonhos.