Agora eu sei! - Ciências Naturais parte do princípio de que a aprendizagem é uma conseqüência da valorização dada ao universo dos conhecimentos do aluno, do respeito aos seus interesses e da oportunidade que lhe é oferecida de fazer novas experiências.
Para favorecer o processo de aprendizagem,  a coleção apresenta uma estrutura simples e de fácil aplicação, que pode ser assim sintetizada:
Exposição dos conteúdos; Atividades que resgatam o conhecimento que o alunos já possui e o ampliam; Boxes É bom saber!, com informações  complementares, e Aprendendo com arte, que relaciona Arte com o estudo de Ciências; Seção Mãos à obra!, com atividades práticas; Vocabulário no final de cada unidade.
Do primeiro ao quinto volume, os alunos terão a possibilidade de entrar em contato com temas que são ministrados paulatinamente e retomados de modo progressivo.