A recente grande crise causada pelo fluxo migratório maciço confirmou a fragmentação do Sistema de Dublin, pela sua disfuncionalidade, o que elucidou a necessidade de reformulá-lo e trazer novos mecanismos de aplicação efetiva do princípio da responsabilidade e da partilha equitativa. O principal critério de aplicação de responsabilidade ao país de primeira entrada causou impactos negativos nos países fronteiriços que não foram capazes de lidar com o fluxo, aliado à disfuncionalidade que afetou diretamente o acolhimento e a proteção dos requerentes de asilo. Essa incapacidade teve reflexos diretos com a violação de direitos fundamentais previstos pela Convenção Europeia dos Direitos do Homem e pela Carta dos Direitos Fundamentais da União Europeia. Além disso, a existente premissa da presunção de segurança dos Estados-Membros e do princípio da confiança mútua demonstrou a necessidade de invalidar a aplicação da retomada a cargo e elucidar a invocação da cláusula de soberania.