Baseado numa pesquisa efetuada em vários arquivos europeus, A Inquisição contestada é o primeiro estudo científico que pretende oferecer uma visão de conjunto das resistências e dos protestos contra a Inquisição portuguesa. O autor enfrenta a crença de que o Santo Ofício foi imbatível até o consulado de Pombal, iniciado em 1750, abordando as crises políticas que envolveram a Inquisição lusa no século XVII.