Asuka, a segunda criança, chega à NERV para se juntar à Rei e Shinji, como piloto da unidade 02. Apesar de ser uma menina prodígio, Asuka tem uma personalidade difícil, e já de cara não se dá bem com seus colegas de serviço.

Mas, para derrotar um novo Anjo, Shinji e Asuka precisarão agir em total sincronia, e para isso, terão que passar por um treinamento especial