A Filogeografia é uma disciplina relativamente nova, proposta pelo professor americano John Avise em 1987. Essa disciplina tem como objetivo explicar e conhecer os padrões e processos que afetam a distribuição das linhagens genéticas das espécies em um contexto geográfico, a partir da reconstrução de suas histórias. Dessa forma, esses estudos possibilitam entender a evolução de diferentes linhagens e sua relação com os eventos históricos determinantes de sua diversificação. Através destes conhecimentos, podem-se obter informações essenciais para descrever a biodiversidade e basear-se para a realização de projetos de manejo, nos quais precisa ser considerada a existência ou não de linhagens independentes no local de conservação.
Estudos filogeográficos vêm crescendo nos últimos anos, inclusive dentro da região neotropical. Entretanto, até o momento não contamos com nenhum livro que aborde especificamente aspectos teóricos em português, ou mesmo livros que contenham exemplos de estudos aprofundados relacionados diretamente a nossa realidade neotropical.  Dessa forma, este livro propõe levar os principais conceitos da disciplina Filogeografia e os principais métodos de análises utilizados, bem como a revisão da literatura na área dos principais grupos de vertebrados, anfíbios, répteis, aves terrestres e marinhas, mamíferos terrestres e aquáticos.