O Custo Aluno-Qualidade representa uma inversão completa da lógica que pauta o financiamento da educação e das demais políticas sociais no Brasil, marcado pela subordinação do investimento social à disponibilidade orçamentária imposta pelo ajuste fiscal. A lógica vigente no Brasil estabelece que o valor médio gasto por aluno seja, quando muito, o resultado da divisão dos escassos recursos da vinculação constitucional - que muitas vezes não é cumprida - pelo número de estudantes matriculados, variando conforme as oscilações da arrecadação.
E é justamente por representar uma mudança profunda de lógica que o Custo Aluno-Qualidade até hoje não saiu do papel, apesar de estar previsto na Constituição Federal (1988), na LDB (Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional, 1996), na Lei do Fundef (Fundo de Manutenção e Desenvolvimento do Ensino Fundamental e Valorização do Magistério, 1996) e no PNE (2001). Segundo a Lei do Fundef, o prazo para que União, Estados e Municípios estabelecessem esse referencial expirou em 2001, durante o governo do Presidente Fernando Henrique Cardoso.