O repentino aviso de Takanohashi sobre as mudanças nas regras e de que apenas 3 jogadores poderão vencer o jogo, abalou profundamente todos os jogadores da ilha. Agora, o clima de medo e desconfiança paira sobre todos. Os “laços” que ali foram criados não parecem ser tão verdadeiros agora…Ryota Sakamoto é um jovem desempregado que passa o dia todo jogando online. Um dia, ele acorda em uma ilha deserta em uma versão real de “Btooom”. Para sobreviver, deverá derrotar outros participantes nessa disputa moral. Após os incidentes no Santuário, Ryota se junta a Kaguya e Hikaru. Porém, os organizadores do Brooom! Gamers decidem mudar as regras: agora apenas mais três participantes podem sair vencedores. A harmonia dos grupos é quebrada, e a dúvida toma contas dos jogadores!