O Bom-Crioulo conta a história de Amaro e Aleixo, a partir de uma perspectiva naturalista, isto é, de condenação da homossexualidade. Além disso, traz uma visão determinista, em que o meio corruptor (a Marinha) e a raça (Amaro é negro) determinam as atitudes dos dois personagens. A obra foi recebida com escândalo pela crítica literária da época e com silêncio por parte do público, devido a ousadia na abordagem de temas considerados tabu em finais do XIX, como o sexo entre pessoas de diferentes raças e a homossexualidade em ambiente militar. Além disso, apresentava um erotismo pouco usual para a sociedade da época.

Apesar de ser uma obra visivelmente racista e homofóbica, O Bom-Crioulo tem valor histórico. Esse trabalho do autor é o primeiro romance brasileiro cuja temática principal é a homossexualidade. Assim, apesar do tom condenatório e punitivo, pela primeira vez na história da literatura brasileira, o protagonismo é dado a personagens homossexuais.