Chegando ao terminal de portais que liga o mundo real ao mundo mágico, Negi e suas alunas são surpreendidos por um ataque inesperado. Um golpe acerta em cheio o ombro direito do professor mirim.
Após uma intensa batalha, os integrantes da equipe acabam sendo dispersos através de uma magia de teleporte forçada executada por Fate Averruncus. O Mundus Magicus possui apenas 1/3 da área total de nosso mundo, mesmo assim, será preciso muita determinação para que Negi consiga salvar todos os seus companheiros.