A bioinformática é uma área fundamental na gestão da enorme quantidade de informação a ser gerada nas áreas das ciências da vida e da saúde. Além de ser quase imutável por mais de quatro décadas, a linha de comando continua a ser uma ferramenta indispensável na resolução de muitos dos problemas na área da bioinformática. Disponível na maioria dos nossos computadores pessoais, a linha de comando permite executar tarefas complexas de processamento de dados e texto com simples sequências de comandos independentes. Por exemplo, estes podem ser usados e combinados para automaticamente recuperar dados e textos da internet, filtrar e extrair literatura e explorar a semântica codificada nas ontologias biomédicas.