O Ovo de Lilith se ergue do Geofront e Shinji é marcado pelos estigmas, levado aos céus pela série Eva. São dados os primeiros passos para a instrumentalização humana, arquitetada pela Seele, e o terceiro impacto é iminente. Com os holofotes voltados para o piloto da unidade 01, os personagens testemunham aquilo que pode ser o começo do fim.