Entre as classes de marcadores moleculares disponíveis atualmente, os marcadores microssatélites destacam-se por combinarem uma série de atributos, que os tornam uma classe altamente informativa e de fácil utilização para a análise genética. Na literatura recente, está descrito um grande número de relatos sobre a utilização de marcadores microssatélites para as mais diversas aplicações. Apesar da disponibilidade de um grande volume de seqüências genômicas em bancos de dados, a maioria das espécies de plantas, animais e microrganismos carece desse tipo de informação. Diante disso, procedimentos laboratoriais sistemáticos e específicos, focados na identificação de seqüências simples repetidas em genomas de eucariotos, têm sido, ainda nos dias atuais, a forma mais eficiente para que seja desenvolvido um número adequado de marcadores microssatélites para a análise genômica. Este manual tem por objetivo reunir e detalhar, de modo acessível e prático, os vários métodos de biologia molecular utilizados para o desenvolvimento de bibliotecas genômicas enriquecidas para seqüências microssatélites aplicáveis em qualquer organismo.