Lelouch é capturado por Suzaku e levado à presença de seu pai, o Imperador da Britannia, que reescreve sua memória, fazendo-o esquecer de Nunnaly, seu passado e de suas ações como Zero.
Agora, o garoto é vigiado a todo momento na Academia Ashford por Rolo, agente da Britannia fingindo ser seu irmão mais novo. Porém, certo dia, Lelouch reencontra C.C., que o fará recuperar a memória.
Lelouch terá que arranjar uma forma de continuar sua rebelião sem levantar a suspeita dos agentes britannianos, principalmente de Rolo.