Durante uma missão de rotina, Kitty Pryde desaparece após sofrer um acidente com o jato Pássaro Negro junto com alguns estudantes do Instituto Xavier. Enquanto isso, um exército composto por cópias do mutante Jamie Madrox persegue o senador Ashton Allen, que anuncia a descoberta de uma vacina capaz de impedir a ativação do gene X. Durante a confusão, o congressista também some. Uma figura de grande poder está por trás desses desaparecimentos e seus planos incluem uma mudança radical em todo o planeta.