Arquivos - Contaminação conta a história de Michel Rodrigues, um ex-militar que, após perder o braço num incidente de treinamento, entra para a polícia local de Aracaju, depois de cirurgia que o fez se recuperar de sua perda 
Em seu primeiro dia de trabalho como policial, ele conhece a linda jovem Clara Ribeiro, uma garota problemática e muito carente. Juntos, eles se veem em meio a uma terrível experiência. As pessoas a sua volta começam a se tornar criaturas monstruosas sedentas de sangue.
Agora, caberá a Michel Lutar contra essas criaturas, proteger a jovem Clara e sobreviver a todo o caos a sua volta.