Uma mescla de Steampunk, New Weid Fiction e Dark Fantasy, o Alquimia da Pedra conta a história de Mattie, uma androide alquimista de Ayona, uma cidade dividida entre duas facções políticas: os Mecânicos e os Alquimistas. Com o rosto de porcelana e um coração movido à corda, ao se tornar uma alquimista ela foi emancipada por seu criador, Loharri. Contratada pelas Gárgulas, fundadoras e protetoras da cidade, para criar um elixir que transforme em carne seus corpos de pedra, Mattie consegue ajuda de habitantes bastante estranhos desse mundo fantástico: um Fumante de Almas, um homem que abriga milhares de almas dentro de si; uma alquimista que conhece a magia do sangue; e um Mecânico exilado apaixonado por máquinas. A relação entre Mattie, estes estranhos personagens, e seu criador, trará à tona temas como adaptação, discriminação racial e sexual, liberdade, amor e morte, numa obra que transcende a fantasia e a ficção.