Nas últimas décadas, o crescimento da literatura científica utilizando métodos de análise filogenética tem sido admirável. Inicialmente usada para elucidar relações hierárquicas (Classificação e Taxonomia), a filogenética se expandiu, sendo usada hoje com inúmeros objetivos: criar novos grupos taxonômicos; reconstruir filogenias de organismos com representantes de diferentes áreas geográficas, visando detectar correlação com eventos vicariantes; buscar relações de ramificação com áreas de endemismo (Biogeografia histórica); investigar a evolução de espécies que interagem entre si, tais como hospedeiros e parasitas ou simbiontes, co-evolução de insetos e plantas; estudar evolução de caracteres em si mesmo, compreender melhor a dinâmica de populações etc.Esse crescimento é sem dúvida decorrente da coevolução entre microcomputadores e programas de análise filogenética, cada vez mais complexos. Contudo, esse aumento na complexidade dos métodos, na variedade de programas disponíveis na rede mundial, assim como a necessidade de utilização de diferentes sistemas operacionais, aumentou enormemente a dificuldade de seu uso por usuários menos familiarizados com microcomputadores e sistemas operacionais. Esse livro tem por objetivo apresentar ao usuário interessado em análise filogenética as metodologias e os programas mais modernos e mais utilizados na literatura científica da área, de uma forma simples e objetiva.