Após se tornar o "defensor dos fracos e oprimidos" - Zero - Lelouch vê seu destino tomar rumos inesperados. Seu melhor amigo, Suzaku, é acusado de ter matado o príncipe Clovis, e C.C., a misteriosa garota que concedeu o poder do Geass, aparece e decide ficar junto com o rapaz.
Mas essas não serão as únicas preocupações de Lelouch, já que ele precisa manter sua identidade em segredo, principalmente agora com a chegada de Euphemia, uma menina muito ligada ao seu passado...
E as coisas só pioram quando todos os seus amigos decidem viajar e acabam se envolvendo em um atentado terrorista!