Certo dia, o ex-integrante do Shinsengumi, Hajime Saitou aparece no dojo Kamiya para desafiar Kenshin. Agora chamado de Gorou Fujita, a sua identidade é na verdade um espião da polícia metropolitana do Japão e veio para medir a força doKenshin. No meio do duelo com Saitou, Toshimichi Okubo, Ministro do Interior do Japão, chega ao dojo e propõe um pedido: assassinar Makoto Shishio, o sucessor de Battousai, o Retalhador.

Kaoru e os outros tentam impedir a partida de Kenshin, mas Okubo é assassinado por um dos comandados de Shishio e Kenshin decide ir a Kyoto.No caminho para Kyoto, Kenshin se depara com uma cena de roubo e tenta ajudar, quando descobre que…