A quantidade de entidades sobrenaturais vagando em Naraku, a zona interditada, aumentou drasticamente, concentrando uma grande quantidade de energia sobrenatural.
Nisso, um novo e misterioso inimigo surge, liberando miasma e transformando tudo ao redor da Naraku em trevas.
Para deter o avanço dos fantasmas, que estão descontrolados por causa da influência da energia maligna, o governo japonês reativa o Escritório de Prevenção de Desastres Sobrenaturais.
Kensuke, Kagura e seus amigos também estão lutando, e, em meio à batalha desenfreada, muitos mistérios serão revelados.