Lelouch, sob o codinome Zero, comanda um ataque terrorista no píer de Tóquio, deixando inúmeros feridos. Porém, o que ele não sabia é que entre as vítimas estava o pai de Shirley, sua colega de classe...
Abalado por esse fato, tanto o garoto quanto Kallen, a menina que o ajuda secretamente em seus planos, começam a questionar se os métodos que estão usando realmente conseguirão mudar o mundo.
E ainda, Lelouch irá se deparar com outro usuário do Geass que fará de tudo, inclusive manipular Shirley, para ficar junto com C.C.