Atom retornou, e o destino da Terra está em suas mãos. Agora que possui as respostas para os mistérios acerca de Pluto, Bora e tudo o mais, ele está pronto para se arriscar. Com a memória de seus companheiros caídos - Mont Blanc, North No. 2, Brando, Hércules, Epsilon e Gesicht - gravadas profundamente em seu coração, Atom parte em sua última batalha para salvar o mundo.