Depois de uma catástrofe que dizimou metade da polpulção da terra, surge uma nova ameaça à raça humana: os Anjos, um batalhão de seres gigantescos não identificados que dá início a um ataque incessante. Para combater os Anjos, os seres humanos desenvolvem os Evangelinos, robôs de combate pilotados por crianças. Os pilotos dos Evas têm a difícil tarefa de garantir o futuro da humanidade, e os adultos não têm outra opção a não ser depositar neles suas esperanças. Shinji Ikari chega a Tokyo-3 bem na hora do ataque de um anjo, mas é salvo pelo major Misato Katsuragi. Em sua primeira missão como piloto, Shinji demonstra uma incrível sincronia com o Eva