O ano é 2199, a Terra está sofrendo com as invasões e ataques do Império Gamilas, que força a humanidade a se refugiar em uma metrópole subterrânea, devido às armas de radiação. Mas a situação está rapidamente se deteriorando e dentro de um ano o planeta inteiro se tornará inabitável. Em meio a isso, uma mensagem misteriosa vinda dos confins do universo é captada pela base de Marte, contendo o método para a produção do “motor de ondas” e instruções que usassem essa tecnologia de viagem espacial para ir até o planeta Iskandar, onde conseguiriam um dispositivo que eliminaria por completo toda a radiação dos gamilanos. Para essa missão é escolhido um antigo couraçado utilizado na guerra de 250 anos atrás, o Yamato. E assim, o Couraçado Espacial Yamato parte em rumo a uma galáxia distante para trazer à Terra, dentro de um ano, a única e última esperança da humanidade!