Rintaro Okabe é o autoproclamado mad scientist maluco, que acredita ser perseguido pela Organização. Ele é líder do laboratório Mirai Gadget, que, até o momento, só tem três membros e umas invenções bizarras. Porém, um desses inventos acaba funcionando como uma máquina do tempo, e as consequências de seu uso são imprevisíveis!