Criadas pelo sacerdote Akhenaden, as Relíquias do Milênio foram imbuídas de poder por almas humanas  as almas dos habitantes da Vila de Kul Elna, que foram brutalmente massacrados pelas tropas sob sob comando de Akhenaden! Bakura, o único sobrevivente do ataque a Kul Elna, cresceu e se torna um insano obcecado por vingança.
Um novo e poderoso inimigo está prestes a surgir..